Mikrobiom je souhrnné označení pro mikrobiální osídlení lidského těla. Jedná se o soubor bakterií, kvasinek, hub, virů a protozoí vyskytující se na lidském těle a v něm. Odhaduje se, že se jedná asi o 100 bilionů organismů, jejichž genetická informace převyšuje tu lidskou asi 150x. Střevní mikrobiom (střevní mikroflóra) je tvořen mikroorganismy sídlícími v lidském střevě a představuje nejvýznamnější část mikrobioty o hmotnosti 1 – 2 kg. Kromě trávení se podílí na vývoji imunitního systému a zasahuje do mnoha tělních funkcí. Diverzita mikrobiomu hraje roli u obezity, zánětlivých, nádorových, metabolických, psychických, alergicích, autoimunitních i kardiovaskulárních onemocnění. Praktickým využitím mikrobiomu je střevní (fekální) transplantace, která se používá k léčbě střevní dysmikrobie, například u nebezpečné klostridiové infekce. Mikrobiom se dědí (existuje vztah mikrobiomu s naším genotypem) a je dále ovlivňován řadou faktorů – typem porodu (císařský řez vs. přirozený porod), kojením, stravou, prostředím i dalším. Střevní mikrobiom je snadno narušitelný, nejvýznamnější negativní vliv je u antibiotické léčby, rovnováhu poškozuje nezdravá strava, stres, kouření, přemíra čistoty, chemické látky (herbcidy, pesticidy) a některé léky. Narušení vede např. k syndromu zvýšené propustnosti střeva (leaky-gut syndrom) S naším mozkem mikrobiom komunikuje přes tzv. osu střevo-mozek (gut-brain axis), díky které ovlivňuje naši náladu a psychické funkce. Souvislost mikrobiomu s lidskou psychikou vedl ke vzniku nového pojmu – psychobiotika, kterým se označují probiotika, jež mají schopnost produkovat neuroaktivní látky a ovlivňovat funkci mozku.